Hanna Farnelid
Lektor, biträdande
Institutionen för biologi och miljö
Fakulteten för hälso- och livsvetenskap
+46480446296
44074, Hus Vita, Kalmar
Jag är biträdande lektor och docent i marin ekologi. Jag arbetar med bakterier och växtplankton i akvatiska miljöer. Jag är intresserad av att förstå utbredning, artsammansättning och funktion hos några av de allra minsta men mest betydelsefulla organismerna i världshaven. Jag använder traditionella mikrobiologiska metoder kombinerat med molekylärbiologi för att identifiera och undersöka hur dessa mikroorganismer reagerar och anpassar sig till olika miljöförhållanden.
Undervisning
Jag undervisar i mikrobiologi och marin ekologi i ett flertal kurser på biologiprogrammet och inom masters programmet i akvatisk ekologi. Jag är kursansvarig och examinator på kursen biologi bas-breddning inom naturvetenskapligt basår. Jag handleder studenter vid projektkurser och examensarbeten på kandidat-, magister- och mastersnivå.
Forskning
Jordens yta består till 70% av hav. Bakterier och växtplankton har en betydande roll för det marina ekosystemet både genom att de producerar och bryter ner organiskt material. I min forskning utforskar jag frågor som rör mikroorganismers utbredning, artsammansättning och funktion. Kunskap om dessa organismer är av stor vikt för att förstå vilka konsekvenser framtida miljöförhållanden kommer att få och hur de påverkar näringskedjor i havet.
Uppdrag
Analytiker vid Havsmiljöinstitutet (10%)
Forskargrupp och projekt
-
Marin mikrobiologi Inom forskargruppen Marin mikrobiologi studerar vi marina bakteriers biologiska mångfald, ekologi, fysiologi och genomik.
-
Marina växtplankton – ekologi och applikationer (MPEA) Vårt forskningsteam studerar ekologin hos marin växtplankton. Bland annat kartlägger vi biologiska och kemiska samspel mellan marina mikrober och…
-
Projekt: Expedition som utforskar de okända små fotosyntetiserande organismerna i Arktiska havet Pikoväxtplankton är mycket små fotosyntetiserande organismer som formar basen i den marina…
-
Projekt: Fastställande av historiska variationer i det globala kretsloppet av kisel Kiselalger och andra växtplankton i haven har en avgörande betydelse för kolets kretslopp, och konkurrensen om kisel…
-
Projekt: Kalmarsundstationen (K-station) Kalmarsundstationen (K-station) är en kustnära provtagningsstation i Kalmar där vi studerar säsongsdynamik av växtplankton i Östersjön. Provtagning sker på…
-
Projekt: Picocyanobakterier, anonyma men betydelsefulla primärproducenter i kustnära vatten Små blågröna alger, picocyanobakterier, kan utgöra upp till 50 % av fotosyntetiserande bakterier i Östersjön…
-
Projekt: Överföring av tiamin i den mikrobiella födoväven (MicroThi) Thiaminbrist hos fisk och sjöfågel är ett utbrett problem i Östersjöområdet som leder till reproduktionsstörningar och…
Publikationer
Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
- Gradoville, M.R., Farnelid, H., White, A.E., Turk-Kubo, K.A., Stewart, B., et al. (2020). Latitudinal constraints on the abundance and activity of the cyanobacterium UCYN-A and other marine diazotrophs in the North Pacific. Limnology and Oceanography. 65. 1858-1875.
- Del Carmen Munoz-Marin, M., Shilova, I.N., Shi, T., Farnelid, H., Maria Cabello, A., et al. (2019). The Transcriptional Cycle Is Suited to Daytime N2 Fixation in the Unicellular Cyanobacterium “Candidatus Atelocyanobacterium thalassa” (UCYN-A). mBio. 10. 1-17.
- Cornejo-Castillo, F.M., Del Carmen Munoz-Marin, M., Turk-Kubo, K.A., Royo-Llonch, M., Farnelid, H., et al. (2019). UCYN-A3, a newly characterized open ocean sublineage of the symbiotic N2-fixing cyanobacterium Candidatus Atelocyanobacterium thalassa. Environmental Microbiology. 21. 111-124.
- Sörenson, E., Bertos-Fortis, M., Farnelid, H., Kremp, A., Kruget, K., et al. (2019). Consistency in microbiomes in cultures of Alexandrium species isolated from brackish and marine waters. Environmental Microbiology Reports. 11. 425-433.
- Farnelid, H., Turk-Kubo, K., Ploug, H., Ossolinski, J.E., Collins, J.R., et al. (2019). Diverse diazotrophs are present on sinking particles in the North Pacific Subtropical Gyre. The ISME Journal. 13. 170-182.
- Turk-Kubo, K.A., Connell, P., Caron, D., Hogan, M.E., Farnelid, H., et al. (2018). In Situ Diazotroph Population Dynamics Under Different Resource Ratios in the North Pacific Subtropical Gyre. Frontiers in Microbiology. 9.
- Turk-Kubo, K.A., Farnelid, H., Shilova, I.N., Henke, B., Zehr, J.P. (2017). Distinct ecological niches of marine symbiotic N2-fixing cyanobacterium Candidatus Atelocyanobacterium thalassa sublineages. Journal of Phycology. 53. 451-461.
- Zehr, J.P., Shilova, I.N., Farnelid, H., Muñoz-Marín, M.D.C., Turk-Kubo, K.A. (2017). Unusual marine unicellular symbiosis with the nitrogen-fixing cyanobacterium UCYN-A. Nature Microbiology. 2. 1-10.
- Farnelid, H., Turk-Kubo, K.A., Zehr, J.P. (2016). Identification of Associations between Bacterioplankton and Photosynthetic Picoeukaryotes in Coastal Waters. Frontiers in Microbiology. 7.
- Bertos-Fortis, M., Farnelid, H., Lindh, M.V., Casini, M., Andersson, A., et al. (2016). Unscrambling Cyanobacteria Community Dynamics Related to Environmental Factors. Frontiers in Microbiology. 7.
- Bentzon-Tilia, M., Farnelid, H., Jürgens, K., Riemann, L. (2014). Cultivation and isolation of N2-fixing bacteria from suboxic waters in the Baltic Sea. FEMS Microbiology Ecology. 88. 358-371.
- Farnelid, H., Harder, J., Bentzon-Tilia, M., Riemann, L. (2014). Isolation of heterotrophic diazotrophic bacteria from estuarine surface waters. Environmental Microbiology. 16. 3072-3082.
- Farnelid, H., Bentzon-Tilia, M., Andersson, A.F., Bertilsson, S., Jost, G., et al. (2013). Active nitrogen-fixing heterotrophic bacteria at and below the chemocline of the central Baltic Sea. The ISME Journal. 7. 1413-1423.
- Alonso-Saéz, L., Waller, A.S., Mende, D.R., Bakker, K., Farnelid, H., et al. (2012). Role for urea in nitrification by polar marine Archaea. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109. 17989-17994.
- Farnelid, H., Andersson, A.F., Bertilsson, S., Al-Soud, W.A., Hansen, L.H., et al. (2011). Nitrogenase gene amplicons from global marine surface waters are dominated by genes of non-cyanobacteria. PLoS ONE. 6. e19223.
- Riemann, L., Farnelid, H., Steward, G.F. (2010). Nitrogenase genes in non-cyanobacterial plankton : prevalence, diversity and regulation in marine waters. Aquatic Microbial Ecology. 61. 225-237.
- Farnelid, H., Tarangkoon, W., Hansen, G., Hansen, P.J., Riemann, L. (2010). Putative N-2-fixing heterotrophic bacteria associated with dinoflagellate-Cyanobacteria consortia in the low-nitrogen Indian Ocean. Aquatic Microbial Ecology. 61. 105-117.
- Farnelid, H., Öberg, T., Riemann, L. (2009). Identity and dynamics of putative N-2-fixing picoplankton in the Baltic Sea proper suggest complex patterns of regulation. Environmental Microbiology Reports. 1. 145-154.
Artikel, forskningöversikt (Refereegranskat)
- Farnelid, H., Turk-Kubo, K., Del Carmen Munoz-Marin, M., Zehr, J.P. (2016). New insights into the ecology of the globally significant uncultured nitrogen-fixing symbiont UCYN-A. Aquatic Microbial Ecology. 77. 125-138.
Kapitel i bok, del av antologi (Övrigt vetenskapligt)
- Farnelid, H., Riemann, L. (2008). Heterotrophic N2-fixing bacteria: overlooked in the marine nitrogen cycle?. Nitrogen Fixation Research Progress. New York, Nova Science Publishers. 409-423.
Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
- Farnelid, H. (2013). Distribution and activity of nitrogen-fixing bacteria in marine and estuarine waters. Doctoral Thesis. Växjö, Kalmar, Linnaeus University Press.
Manuskript (Övrigt vetenskapligt)
- Mattsson, L., Sörenson, E., Capo, E., Farnelid, H., Hirwa, M., et al. Functional diversity facilitates resilience to environmental changes in long-term microalgal cultivation system.
- Sörenson, E., Farnelid, H., Lindehoff, E., Legrand, C. Resource partitioning between phytoplankton and bacteria in the coastal Baltic Sea.
- Sörenson, E., Capo, E., Farnelid, H., Lindehoff, E., Legrand, C. Temperature stress induces shift from co-existence to competition for organic carbon in microalgae-bacterial photobioreactor community – enabling continuous production of microalgal biomass.